自古代出现农耕技术之后，生物有机肥料就在不断的更新发展，千年之前，人们会将各种动植物的遗骸当作肥料施在田园之中，从而提高农作物的产量以及品质。但是生物有机肥的收集、去除有害物质以及到施用等过程都是比较困难的工作。质量有保证生物有机肥‍不但可以提高农作物的产量，还可以减轻劳动者的辛劳程度。那么生物有机肥发酵的主要机理是什么呢？

主要机理1、降温

生物有机肥的发酵阶段主要有四个阶段，前两个阶段为发热阶段和高温阶段，在这不在阐述。降温阶段是生物有机肥的一个重要阶段，当高温阶段持续一段时间之后，纤维素、果胶以及半纤维素等有机物质大部分都被分解，肥料中剩下的都是一些很难分解的复杂物质和新形成的有机物质。随着微生物活动的减弱，温度开始慢慢下降。当温度降低到一定程度时，肥料中的优势微生物又成了喜欢中温的微生物。如果高温阶段时间不足，降温阶段来的过早的化，说明生物有机肥的堆制条件不理想，有机物质分解也不充分。解决的办法就是翻堆，将肥料搅拌均匀，再进行二次的发热、升温以及降温阶段，促进生物有机肥了的腐熟。

主要机理2、腐熟保肥

经历过降温阶段之后的环节就是腐熟保肥阶段，堆肥腐熟后，体积缩小，温度会下降到室温左右，在这时应该将堆肥压紧达到厌气状态，将有机物质矿化作用削弱，从而达到保肥的目的。随着堆肥的时间延长，细菌会慢慢减少，放线菌逐渐增加，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显着减少。

品类齐全的生物有机肥‍以有效活菌数和有机质为考量指标，由于再次接种菌种会带来新的碳损，生物有机肥在要求活菌数之后对有机质要求比有机肥略低。菌种在高浓度的盐分下不会成活，另外接种后会引起碳损，因此一些生物有机肥包装上标注超高的有机质、无机盐的含量值需要斟酌。